Acclamato nel 2011 dalla rivista specializzata tedesca FonoForum come “entrato a far parte della Champions League degli interpreti internazionali di Bach” il bolognese Matteo Messori, nato nel 1976, è attivo come clavicembalista, organista, clavicordista, direttore, compositore e pianista, e ha al suo attivo circa 35 incisioni discografiche.

È titolare della cattedra di Organo e Composizione organistica presso il Conservatorio Statale "B. Marcello" di Venezia e professore a contratto di Clavicembalo e Tastiere storiche presso il Conservatorio “G. Donizetti” di Bergamo, dove ha insegnato anche organo e composizione come titolare dal 2002 fino al 2014. Dal 2014 al 2022 è stato sempre titolare della cattedra di Organo e Composizione organistica presso il Conservatorio Statale “N. Paganini” di Genova, dove ha tenuto anche corsi e laboratori di musica d’insieme per voci e strumenti antichi e di clavicembalo.

Ha incominciato lo studio del pianoforte all’età di 4 anni, proseguendolo presso il Conservatorio di Bologna sotto la guida di Franca Fogli, la prima allieva diplomata da Arturo Bendetti Michelangeli durante la sua docenza nei primi anni ’40 al conservatorio bolognese.
Ha proseguito gli studi di organo e composizione sotto la guida di Umberto Pineschi sempre presso il conservatorio della sua città, diplomandosi cum laude.
È stato successivamente allievo di clavicembalo di Sergio Vartolo con cui, sempre cum laude, ha conseguito il diploma accademico presso il conservatorio di Venezia.

Ha vinto nel 1998 il primo premio al concorso internazionale di clavicembalo di Pesaro “G. Gambi”.
Si esibisce da anni come solista in Europa e America: degni di nota i recital solistici nelle gloriose Thomaskirche di Lipsia (2004) e, due volte, alla Sala Grande della Filarmonica di S. Pietroburgo (2012).
Come direttore dell’ensemble Cappella Augustana ha debuttato incidendo nel 2000 il primo tributo sonoro interamente dedicato alla musica sacra del maestro di cappella a Dresda e organista della Thomaskirche di Lipsia, Vincenzo Albrici (1631-1690/96) per l'etichetta svedese Mvsica Rediviva. Successivamente Matteo Messori tra il 2003 e il 2008 ha diretto l'ensemble nei diciannove dischi della Heinrich Schutz Edïtion per l’etichetta olandese Brilliant Classics, di grande successo di pubblico e critica.
La registrazione del 2005 della terza parte della Clavierubung ̈ di Johann Sebastian Bach su tre organi storici bachiani in Germania centrale ha ottenuto il riconoscimento "5 de Diapason" dalla rivista francese Diapason ed è stato raccomandato con “5 stelle” dal mensile tedesco FonoForum. In qualità di solista su diversi clavicembali e di concertatore con l'ensemble "Cappella Augustana" ha inciso tra il 2008 e il 2009 l'Arte della Fuga, l'Offerta musicale e, all’organo, le Variazioni canoniche su Vom Himmel hoch da komm' ich her BWV 769. La registrazione ha ottenuto ancora le “5 stelle” e la raccomandazione di FonoForum e del settimanale Der Freitag. Nel 2011 ha inciso due dischi con otto grandi preludi e fughe della maturità e i sei corali Schübler del Kantor su altri due organi storici tra Turingia e Bassa Sassonia, parzialmente editi in singolo CD anche sulla rivista Amadeus.
Ha inoltre registrato per la prima volta tutte le opere per tastiera oggi conosciute del compositore ferrarese Luzzasco Luzzaschi, maestro di Frescobaldi e sempre al clavicembalo e all’organo con l'incisione integrale delle opere tastieristiche di Johann Caspar Kerll. Di prossima uscita al clavicordo, le Invenzioni e Sinfonie di Bach. Al clavicordo ha preso parte al film Sul nome B.A.C.H.
Ha diretto l'Orchestra da Camera di Stato della Repubblica di Belarus presso la Filarmonica di Minsk (anche eseguendo sue composizioni), il primo allestimento italiano in forma scenica dell'oratorio romano di Händel La Bellezza ravveduta, Capella Cracoviensis nella Filarmonica di Cracovia (Bach, Oratorio di Natale), cantate e concerti di Bach alla Sala Grande della Filarmonica di San Pietroburgo i Mottetti di Bach a Bologna, Roma e L’Aquila, Alta Capella in opere sacre di Mozart, Haydn e Rossini.
Come clavicembalista si è esibito insieme ai Wiener Philharmoniker e Daniel Harding al Konzerthaus di Vienna nel maggio del 2011.

Da sempre dedito alla composizione, ha scritto Lieder per voce e strumenti a tastiera, musica per coro, per strumenti a tastiera, per quartetto d‘archi. Due Preludi e Fughe per pianoforte e per clavicembalo, clavicordo o pianoforte sono recentemente stati pubblicati da Da Vinci Edition (Osaka).
Per la celebre soprano tedesca Simone Kermes e l’ensemble con strumenti originali La Magnifica Comunità ha arrangiato e composto diverse parti strumentali d’archi per l’album Sony Classics Love.

Ha pubblicato saggi musicologici, ricerche e articoli biografici sul dizionario musicale tedesco MGG online, sull’Enciclopedia Italiana Treccani, su Bach-Jahrbuch, Schütz-Jahrbuch, Fonti Musicali Italiane e La Gazzetta (Deutsche Rossini Gesellschaft).